Agjencia e Administrimit te Pasurive te Sekuestruara dhe te Konfiskuara është krijuar ne zbatim te Ligjit nr. 9284, date 30.09.2004 “Për parandalimin dhe goditjen e krimit te organizuar” dhe aktualisht funksionon ne zbatim te ligjit Nr. 10 192 date 03.12.2009 “Për parandalimin dhe goditjen e krimit te organizuar dhe trafikimit nëpërmjet masave parandaluese kundër pasurisë”.
Nga viti 2005 deri në korrik të vitit 2008, Agjencia ka funksionuar si strukture brenda organikes së Ministrisë së Financave.
Me daljen e VKM nr. 968, dt. 2.7.2008, Agjencia u riorganizua në institucion buxhetor, në varësi të ministrit të Financave.